哥斯拉掉入三原山之后，日本过了5年平安的日子，但是自卫队为了以防万一，打算以哥斯拉的细胞为成分制造对抗哥斯拉的武器"抗核细菌"(ANB)，以及将之前与哥斯拉对战时被摧毁的超级武器"Super_X"改造成为"Super X2"，此时哥斯拉

　　幌舞作为煤矿产地曾繁华过，无奈现今人口衰减。幌舞支线也决定即将废线，停止使用。佐藤乙松（高仓健饰）是北海道地方支线幌舞车站的站长，乙松每天得独自负责剪票，用小旗指挥列车进站、出站，清扫车站内部以及其他琐碎工作。　　老同事杉浦仙次造访幌舞车站，想游说乙松在退休后，和他一起去渡假村工作，可是遭到乙松

　　日本前任首相东条英机在1945年东京审判时被作为A级战犯判决，同时，在横浜地方法院，战时发令层的B级战犯和作为执行者的C级战犯审判也在进行中，其中包括了曾作为东海军司令官的冈田资中将和19名空袭时被逮捕的部下。在美军首席辩护人的辩护下，棉队法庭，冈田开始讲述战时所发生的事情……